保存には「上書き保存」と「別名保存」があります。
「上書き保存」されると保存前の状態に戻れませんので注意してください。

「Photoshop psd形式」で保存してください。

保存の際は、画像を統合して余分なパスを削除してください。
上書き保存する場合は、メニューの「ファイル」→「保存」を選択し、別名保存する場合は、メニューの「ファイル」→「別名保存」を選択してください。